Búsqueda de dominios específicos para la Clase Hexapoda (Phylum: Arthropoda)

La búsqueda automática de nuevos dominios proteicos representa un reto si se parte de grandes bases de datos de proteínas (Swiss-Prot y TrEMBL). Al limitar el rango taxonómico a la Clase Hexapoda, incluyendo dos proteomas completos (Anopheles gambiae y Drosophila melanogaster), se redujo el espacio de búsqueda con el objetivo de encontrar dominios específicos para un clado particular. El programa MKDOM2 fue utilizado para agrupar las proteínas de insectos sin anotaciones de dominio. Mediante el uso del paquete PFTools se generaron perfiles a partir de alineamientos múltiples. Los alineamientos se clasificaron para la extracción de dominios conservados, que serian analizados manualmente en un segundo paso. Durante el desarrollo de tal proceso se generaron dominios presentes en un grupo de proteínas ampliamente distribuidas evolutivamente, así como dominios restringidos al clado Insecta, siendo estos menos frecuentes que los primeros. En este trabajo reportamos 16 nuevos dominios de los cuales 3 corresponden a proteínas específicas para insectos, mientras que los otros 13 son dominios que se encuentran en proteínas ampliamente distribuidas. Nuestros hallazgos demuestran la viabilidad de encontrar nuevos dominios o de extender los ya existentes mediante el uso de un método semiautomático de agrupación. Los nuevos dominios serán sometidos a PROSITE.

Palabras clave: Dominios, Insecta, Perfiles, PROSITE, MKDOM2

Apellidos y nombres de los autores: Daniel R. Matute,1 Emiliano Barreto-Hernández,2 Laurent Falquet,3

Institución:
1 Universidad Los Andes, Bogota Colombia
2 Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional de Colombia, Bogotá, Colombia
3 Swiss Institute of Bioinformatics, 155. ch. des Boveresses, CH-1066 Epalinges, Switzerland ;

Dirección postal: Carrera 72A #78B-141, Unidad de Biología Celular e Inmunogenética, Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB)

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