Identificacion de contaminacion con vectores

La obtencion de una secuencia de DNA involucra una serie de pasos, mas o menos complejos, que van desde la purificacion del fragmento de DNA, su clonacion, su amplificacion, hasta su procesamiento mediante algun protocolo de secuenciacion.
Es posible que al final de todo este proceso nuestra secuencia se encuentre "contaminada", es decir que contenga fragmentos de DNA que no pertenecen a ella (por ejemplo del vector usado en la clonación), este es uno de los casos más típicos en un laboratorio de investigación biológica, y por esto es importante saber como tratar este posible problema.
Como fue mencionado anteriormente, el DNA o cDNA que se secuencia, ha sido insertado anteriormente en un vector de clonacion, y es casi inevitable que nuestra secuencia se encuentre contaminada con regiones de dicho vector. Con el fin de detectar y remover dichas secuencias podemos seguir alguna de las siguientes estrategias:

Busqueda de similaridad simple (alineamiento) entre nuestra secuencia y la secuencia del vector utilizado.
Usar VecScreen

Nos centraremos en la segunda alternativa. VecScreen cuenta con una amplia documentación, consúltela y resuelva las siguientes preguntas:

Cómo opera VecScreen?, utiliza alguna base de datos especial?
 Cuáles considera usted que son las consecuencias más graves que puede ocasionar la contaminación de una secuencia.
 Por qué razón puede resultar mejor trabajar con VecScreen y no realizando un alineamiento común?

Regrese al sitio web de VecScreen y utilice la siguiente secuencia como entrada:

>gi|4099437|gb|U87251.1|MVU87251 Mustela vison GT dinucleotide repeat, chromosome 7q2.1
AAACANACDBCGBTCNGAAVACNATNGBATHDTHAACAVTDATCNAAACNGTHCTABATCNCHCGAGCTC
GGAACCNGGGGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATVAATNNAAAGDATANAGGAGTAAACTTG
GTCTGANAGTNACVAATGCGTAATCAGTAAGGNACCNATNBNAGCGATCNGTCTTTGAAGNACAGANAAA
TAAATNTGGTATGNATAAACATGTATATATACATATGGGTATGDATADGDATGGGTATATACACACAHAH
ACAAACHCHTATATAAACAAACACACATTAAATAAATACCGATGTCTTTGAAGGHCTTAATTTGCGGBBG
TAATAACCBTDGDGAAAACANACDBCGBTCNGAAVACNATNGBATHDTHAACAVTDATCNAAACNGTHCT
AACGAACTCGAGCTCGGTACCGGGGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAAGTATA
TATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTGACCAATGCTTAATCAGTGAGGCACCTATCTCAGCGATCTGTCTTT
GAAGCACAGATAAATAAATTTTGTATGTATATACATGTATATATACATATGTGTATGTATATGTATGTGT
ATATACACACACACACACACACATATATACACACACACATTAAATAAATACCGATGTCTTTGTAGGTCTT
AATTTGCTGTGGTAATAACTCTDGATGAATTCTTCTGGTTTCAGTCATCTTTGTTGGATGAGCTCATATG
TGATTGCTTTTAATAGANVVVAMKTGTAAGTSTTAGAATTTAVGCTAHAAARANBBAAAGAAAGGGAAAT
TGTATAAKAGTTCTCGAAAABCTCCAGATATAATGHCGTGTCATAGTTTAGCTCATCTTGCTAAAACCCC
AAAGTTAGTATTCTGGTCTGAACTGTTATATGGGCTCCCTACCTTTCATCTTCAATGACCAGTACCACTC
TATT

Haga click en "Run VecScreen", y después en "format". Espere unos segundos.
La salida de resultados le va a ser muy familiar, ya que VecScreen realiza un blastn. Encontrará en primer lugar, un gráfico descriptivo de las regiones contaminadas y a continuación una descripción más detallada de los alineamientos. Sin embargo, si encuentra difícil la interpretación de estos resultados puede acudir a la ayuda para la interpretación de resultados de VecScreen.
Responda las siguientes preguntas:

Qué es pBR322?
Cuantas y cuales regiones se encuentran contaminadas?
Por qué razón cree usted que esta secuencia se encuentra contaminada con pBR322?
Cree usted que un resultado positivo en vecScreen es siempre indicio de contaminación?,
 por qué?

Una vez que tenemos identificadas las regiones de contaminación de nuestra secuencia, es necesario removerlas de la misma. Realice esta remoción y corra de nuevo VecScreen sobre esta secuencia.

Identificación mediante mapas de restricción

Una manera alternativa de cerciorarnos de la contaminación de nuestra secuencia, es mediante su análisis con mapas de restricción. Por lo general, con el plásmido pBR322 se utilíza la enzima de restricción: ECOR1.

Diseñe una estrategia para corraborar los resultados de VecScreen mediante
 la utilización de map de restricción.