Que es GCG ( genetics computer group) ?

La suite GCG es una coleccion de programas usados para analizar o manipular datos de secuencias de proteinas y acidos nucleicos. Este paquete no provee un programa simple con un menu, pero mantiene un estilo consistente de presentacion entre diferentes programas. En algunos casos hay mas de una manera de realizar un analisis determinado, ya que diferentes programas pueden desarrollar tareas similares.Esta suite no es de acceso publico y se debe comprar para utilizarla, sin embargo se ofrece alguna especie de shareware para entidades educativas. Para mayor informacion ir a www.gcg.com..( Este grupo se asocio con otras entidades de caracter cientifico para formar una nueva empresa con mayor rango de accion, denominada Accelrys inc.)

Para qué se utiliza?

Los cerca de 130 programas de esta suite se pueden clasificar dentro de 12 categorias, relacionadas con la posible utilidad que tiene para el usuario, se puede emplear en ambiente UNIX, Windows o Macintosh, sin embargo se tiene una mayor amplitud de utilidades y una mejor calidad en UNIX. La siguiente es una lista de las categorias para las cuales se puede utilizar esta suite. (haga clic para informacion detallada de los programas)
 

• Comparación

Estas herramientas le permiten al usuario ejecutar comparacion de secuencias de pares de bases para producir alineamientos o dot-plots, asi como crear y mostrar secuencias de alineamientos multiples de dos o mas secuencias.
 
 
• Busqueda en bases de datos y obtencion de secuencias

 

Permite la busqueda en bases de datos publicas o internas usando una secuencia o una pregunta en texto y devuelve las secuencias relacionadas, en un archivo plano.
 
 

• Estructura secundaria ADN/ARN

 

Permite la busqueda en bases de datos publicas o internas usando una secuencia o una pregunta en texto y devuelve las secuencias relacionadas con  la estructura secundaria de ADN o ARN, en un archivo plano.
 
 

• Edición y Publicación

 

Por medio de una serie de programas se pueden entrar o modificar secuencias asi como observar y editar alineamientos multiples de secuencias. Igualmente genera imagenes con la calidad necesaria para una publicacion de construccion de plasmidos, secuencias y alienamientos de secuencias.
 
 

• Evolucion

 

Esta serie de programas permite investigar las relaciones dentro de un grupo de secuencias alineadas. De esta manera se puede computar la distancia de las pares de bases entre las secuencias, construir arboles filogeneticos, o calcular el grado de divergencia de dos regiones codificantes para proteina.
 
 

• Ensamblaje de fragmentos

 

El sistema de ensamblaje de fragmentos esta compuesto de una serie de programas para entrar y ensamblar secuencias de acidos nucleicos dentro de una secuencia continua con sentido logico.
 
 

• Busqueda de genes y Patrones de reconocimiento

 

Una serie de programas utlizados para reconocer regiones codificantes, repetidas y patrones consenso. Algunos programas ayudan a analizar la composicion de la secuencia.
 
 

• Importacion y  Exportacion

 

Estos programas convierten secuencias de otros formatos dentro del formato GCG  y convierte secuencias de GCG a formatos compatibles con otras herramientas de analisis de secuencias.
 

• Mapeo

 

Estos programas calculan y muestran mapas de restriccion y patrones de cleavage en peptidos. Igualmente permite simular huellas digitales por ARN.
 
 

• Seleccion de Primers

 

Estos programas le ayudan a seleccionar los primers para una secuencia completa de ADN, evaluar primers individuales para el uso como pares de primers en PCR, o determinar la temperatura del punto de desanturalizacion de la secuencia de oligonucleotidos.
 
 

• Analisis de Proteínas

 

Estos programas ejecutan analisis especificos a secuencias de proteinas. Se utiliza para identificar secuencias motivo(motifs), observar estructura secundaria, predecir las propiedades de los peptidos, hidrofobicidad y
antigenicidad,  e identificar repeticiones y regiones de baja complejidad.
 
 

• Traduccion

 

Estos programas traducen secuencias de acidos nucleicos a secuencias de proteinas, y secuencias de proteinas son "devueltas" hacia secuencias de acidos nucleicos.