Dotlet ejemplos y métodos de comparación

Las paginas learn by example de Dotlet, muestran diferentes problemas típicos de análisis de secuencias.

• Inicie dándole una mirada a la documentación de Dotlet
• Déle una mirada a Dotlet examples.
• Trate de entender los dotplots.

Dotplot usando Dotlet

Compare las secuencias OPRM_RAT y SSR1_HUMAN usando Dotlet.

Las secuencias deben ser obtenidas en formato "FASTA".

• Introduzca las dos secuencia en Dotlet y compute el dotplot.
• Que significa la intensidad de un pixel (gray level)?
• Cambie la escala de grises en los bordes. Donde sería la posición optima para los limites alto y bajo de la escala de grises?
• Que representan las líneas diagonales ?
• Trate de modificar el ruido de fondo, cambiando el tamaño de la ventana, el valor limite o ambos.
• Compare cada secuencia contra ella misma.

Ejercicios suplementarios

Adicionalmente compare las siguiente parejas de secuencias.

• CO9_HUMAN - PERF_HUMAN
• FOSLA_DROME - GCN4_YEAST
• HBB_HUMAN - LGB1_PEA
• YO11_ADEG1 - CD4_HUMAN